1998年硕士毕业后，他南下广州，加盟了广发证券，2002年底加入了天治基金管理有限公司。
在他的证券投资从业生涯中，有过一段“叛逃”经历。
1999年“5·19”之前，股市行情低迷，这让一直痴迷研究股票的余明元对这个行业产生了动摇。而那时电信行业是个人人艳羡的领域，“听说收入又高，又分房子。”余明元笑着说。
于是，凭着在校期间优异的成绩，他顺利地进入电信局做财务。一年多的时间，他的职务已提升到局长秘书。但也许是对股票“中毒”太深，旁人打破头都争不到的职位，他却始终提不起兴趣。
很快，他回到上海财大攻读金融工程的在职博士，博士毕业后再次回到证券业。
“做股票的人做其他的都没意思。”余明元为自己的这段“叛逃”总结道。